Juodupės lopšelis-darželis įsteigtas 1954 m. rugsėjo mėnesį, priklausė Švietimo skyriui. Tai buvo vienas seniausių darželių rajone. Darželiui nuo jo įkūrimo vadovavo Adelė Dudėnienė. Ji vedėja dirbo 25 metus. Pirmosios auklėtojos buvo Janina Stasiulionytė ir Genė Motuzienė. Senajame darželyje veikė viena mišraus amžiaus vaikų grupė. Ją lankė 20 – 25 vaikai, tai buvo daugiausia vilnonių audinių fabriko ,,Nemunas“ dirbančiųjų vaikai.
1963 m. buvo pastatytas naujas lopšelio-darželio pastatas ir Juodupės lopšelis-darželis priklausė tuo metu veikusiam vilnos audinių fabrikui ,,Nemunas“. Ugdymas vyko 7 grupėse. Veikė savaitinė grupė.
Nuo 1979 m. vedėja apie tris metus dirbo Liucija Bliūdžiuvienė.
1982 – 1983 m. darželiui vadovavo Virginija Valiukienė.
1984 – 2017 m. darželiui vadovavo Janina Gavėnienė.
Nuo 2018 m. rugpjūčio 1 d. darželiui vadovauja Valdis Vaičėnas.
Nuo 1991 metų lopšelis-darželis priklausė Juodupės seniūnijai.
2005 metais vykdant Juodupės gimnazijos ir Juodupės lopšelio-darželio reorganizavimą, įkurta Juodupės pradinė mokykla su Juodupės lopšelio-darželio skyriumi.
2008 m. atliktas Juodupės pradinės mokyklos vidaus struktūros pertvarkymas ir Juodupės lopšelis – darželis funkcionuoja kaip atskira įstaiga. Šiuo metu darželyje veikia 4 grupės. Jose ugdomi vaikai nuo 1 iki 7 metų.
Juodupės lopšelis-darželis patyrė daug pasikeitimų ir reorganizacijų.